自1988年设地级市以来，惠州的卫生工作以改革为动力，全面加速卫生事业建设。2007年，全市共有种类卫生机构238个，其中医院、卫生院123个，妇幼保健院5个，疾病预防控制中心5个。拥有医院、卫生院床数9015张，二十年间增长1.3倍；拥有卫生技术人员14041人，增长1.5倍；执业医师5299人，增长1.7倍。2007年，新型农村合作医疗覆盖率达100%。

　　医疗保障建设扎实推进

　　二十年来，惠州高度重视与全市人民健康息息相关的医疗保障工作，多渠道筹集建设资金，不断加强医疗机构建设，医疗保障条件得到明显改善，妇幼保健、医院评级和创建国家卫生城市等工作屡创佳绩，建立起较为完备的医疗保障系统。2007年，城乡卫生体系进一步健全，市中心医院江北新院、中医院新院、妇幼保健等项目建设按计划推进，社区卫生服务体系基本建成。

　　“八五”期间，全市通过各种渠道筹集资金达5.2亿元用于卫生事业建设，从根本上改善了各级医疗卫生机构的基本条件。1988年-2001年全市拥有医院、卫生院数在100-120之间，2002年首次超过120间，至2007年，连续6年保持在120间以上。1988年全市拥有医院床上数4079张，1995年、2002年、2004年分别超过5000张、6000张、7000张，2006年-2007年连续两年相继超过8000张、9000张。1988年全市拥有医生、助理医生2057人，1993年、1998年、2006年分别超过3000人、4030人、5000人，医生数量逐年增加。全市每千人拥有病床数从1987年的1.9张上升至2007年的2.3张，每千人拥有医生数从1987年的1人上升至2007年的1.4人，显示随着经济的发展，全市医疗卫生保障水平也相应提高。

　　妇幼保健工作取得新突破  1993年下半年开始，在城市医院和部分乡镇中心卫生院开展创建“爱婴医院”活动。1998年市妇幼保健院、惠阳市妇幼保健院、惠东县妇幼保健院于1998年被评为一级甲等妇幼保健院。2001年全市有35间医院被评为被卫生部和联合国儿童基金会授予“爱婴医院”称号。2002年，博罗县妇幼保健院被评为“一级甲等”保健院。2003年，狠抓妇幼两个系统管理，孕产妇死亡率和新生儿死亡率均低于全省平均水平。

　　医院评级工作取得新突破  1998年，惠州积极创建全国百佳医院、全省百家文明医院、文明卫生院，使全市卫生工作上了一个新台阶。市中心人民医院被评为“全国百佳医院”；市中心人民医院、市人民医院、惠阳市第一人民医院、惠东县人民医院、惠东县中医院、惠东县妇幼保健院等被评为“广东省百家文明医院”，惠东县中医院被评为“广东省百家文明中医院”和广东省“放心药房”建设达标单位；杨村、石坝、三栋、陈江、沥林、吉隆、港口、平陵等卫生院被评为“广东省百家文明卫生院”。2002龙门县是惠州农村中医工作试点县，已基本完成达标建设。2003年确定市中医院和博罗县中医院骨伤科为惠州首批重点中医专科。

　　创建国家卫生城市工作取得新突破  上世纪九十年代起，惠州狠抓创建国家卫生城市（以下简称创卫）工作，一年一个台阶地向国家卫生城市迈进。1991-1996年努力改变脏、乱、差现象。1997年，惠州荣获“广东省卫生城市”称号；1998年，被全国爱卫会命名为“第四次全国城市卫生检查评比先进城市”；1999年10月，全国爱卫会正式命名惠州为“国家卫生城市”；2006年11月，国家卫生城市调研督导工作级对惠州进行调研督导，认为惠州各项工作均达到新《国家卫生城市标准》。

　　农村卫生走在全省前列

　　二十年来，惠州在农村卫生工作方面不断探索，率先试行新型农村合作医疗制度，全面加大村卫生站建设力度，注重医务人员的配备和素质、待遇的提高，逐步总结推出具有本地特色的“惠州经验”。2007年，全市农民参合率在全省率先实现100％，村卫生站建设率达100%，农村住院分娩率达95%以上。

　　农村合作医疗参合率达100％  1990年，惠州成立了初级卫生保健委员会，并制订了《惠州市2000年人人享有卫生保健发展规划》。1996年，全市的农村初级卫生保健工作，通过省级达标或者基本达标的评审，提前2年基本实现人人享有初级卫生保健目标。1997年11月，全省合作医疗现场会在惠州召开，省政府着重提出推广“惠州经验”，惠州被省政府评为初保达标市，成为全省第一批7个初保达标市之一。2003年，惠州开始试点建立新型农村合作医疗制度。2004年，市财政年内安排434万元专项资金，对参加合作医疗的农民每人每年补助5元，各县（区）和乡镇也按每年人均5元以上的标准进行补助，合作医疗覆盖率达到46.1%。2005年，市政府拨出850万元专项资金，将市级引导资金补助标准由5元提高到7元，参合率达到61.6%。2006年，市政府将市级引导资金补助标准提高到10元，安排1400多万元市级引导资金，市级财政扶持力度居全省14个欠发达市之首，参合率达73.2%，筹资标准提高到50元，报销封顶线提高到6000元。2007年惠州农村合作医疗参合率在全省率先实现100%。

　　农村卫生站建设达100％  1991年起，全市正式启动了农村卫生院的“一无三配套”建设。2004年，市政府安排乡镇卫生院建设专项引导资金，共带动县（区）配套经费1424万元、卫生院配套建设资金2738万元。2006年，全市农村卫生站由2005年的1283个，大幅增加至1532个。

　　2006年，市委、市政府实施“五个一”工程：全市1039个行政村卫生站，要配备1名村医和1名护士，省财政从年内7月起对每名村医每补助1万元，市财政对每名护士每月补助600元（其中护理师和主管护师分别每月补助700元和800元）；对到卫生站工作的中专、大专和本科毕业的村医，市财政分别再每月补助100元、200元和300元；对困难村卫生站的医生和护士在省、市补助的基础上再每月补助200元，开了全省之先河。2007年，全市1041个行政村基本实现“1村1站1医生1护士和大病报销1万元的“五个一”建设目标，惠州经验在全省推广。

　　预防保健取得显著成效

　　二十年来，惠州高度重视疾病预防控制工作，大力加强疾控中心硬件建设，巩固工作成果，促进预防保健工作不断取得新突破。目前，全市已经在多项疾病控制上，达到国家控制标准，有效控制了传染病和地方病等的流行。

　　市疾控中心建立  2001年12月28日，市、区两级卫生防疫站撤并，组建惠州市疾病预防控制中心（市卫生检验中心），负责防治包括艾滋病等主要传染病、职业病、地方病、寄生虫病。2002年，惠州在全省率先开展食品卫生量化分级管理试点工作。2006年，建筑面积约2.1万平方米、总投资近6000万元的市疾控中心综合大楼已建成投入使用；博罗县疾控中心完成改建，惠阳区、惠东县疾控中心综合大楼已竣工；龙门县疾控中心综合大楼即将落成。年内市政府拨出216万元装备市、县两级疾控中心应急装备。市职业病防治院正式投入使用。

　　预防保健成效显著  1988年惠州碘缺乏病已达到国家控制标准。1997年麻疹等计免相应疾病的发病数比实行计划免疫前的1987年下降98%。1998年“四苗”接种率得到进一步巩固，已连续4年无脊髓灰质炎野毒株病例发生，超额完成结核病控制任务，4年连续排在全省先进行列。麻风病、丝虫病防治工作经省专家组的评审，达到国家卫生部颁发的《基本消灭麻风病考核验收办法》、《消灭丝虫病》标准的各项技术指标，全市基本消灭了麻风病和彻底消灭了丝虫病。2003年全市计免“四苗”接种率保持在95%以上，已连续10年未发现野毒株病引起的脊髓灰质炎病例；开展乙脑的查漏补种和两轮糖丸强化免疫活动，服苗率均达到省95%的要求；全市累计收治的10例“非典”病例患者全部治愈出院，实现零死亡目标。